對於超音波檢查的安全性曾經有過爭議。
既然超音波檢查是能量的一種形式，那麼就存在一個問題：
美國FDA警告說，實驗室研究表明診斷水平的超音波檢查音波會對組織產生物理效應，例如機械震動和溫度升高。並且建議，公眾如無必要，不要隨便暴露在超音波波下，尤其是孕婦。超音波檢查儘管沒有證據表明這些物理效應會傷害胎兒，但絕不可認為超音波檢查傳送的能量對胎兒完全無害，並且FDA不許可利用醫學超音波檢查波成像設備進行胎兒寫真、視頻留念等非醫學用途行為，並將醫學超音波檢查波成像設備列為處方設備。
可能的一些副作用：
超音波檢查熱效應：局部組織吸收超音波的能量並使組織的溫度升高。
超音波檢查空化效應：溶解的氣體因為局部的溫度升高從溶質中釋出。
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